In un futuro remoto, è stato scoperto un ormone psionico nel cervello umano grazie al quale le persone possono avere poteri extrasensoriali in grado di cambiare il mondo che conosciamo.

Proprio all'inizio di questa nuova era per l'umanità, dei mutanti impazziti noti come Estranei giungono sulla terra, affamati di cervelli umani. A causa dell'estrema resistenza di questi mostri ai metodi di attacco convenzionali, vengono prese misure drastiche per combatterli e salvare l'umanità. Le persone con abilità mentali particolarmente sviluppate, conosciute come psionici, diventano l'unica possibilità di arginare il massacro.

Ancora oggi, gli psionici vengono selezionati in base al loro talento e reclutati nella Forza di Soppressione Estranei (FSE), l'ultima linea di difesa del genere umano.

Gioca nei panni di Yuito Sumeragi, una nuova recluta delle FSE che desidera diventarne un membro d'élite per emulare il soldato che lo salvò quando era bambino.

In SCARLET NEXUS, dovrai armarti dell'abilità di psicocinesi per esplorare la futuristica New Himuka e scoprire i misteri di un mondo in stile psico-punk in cui coesistono tecnologia e abilità mentali.